I servizi culturali si sviluppano sui due livelli inferiori del Santuario lungo tutto il margine esterno dell’ampia area quadrangolare occupata dall’edificio. All’interno dell’area una grande roccia sale dalle fondamenta dell’edificio al limite del pavimento della chiesa posta al primo piano del Santuario. Il monastero è aggrappato, incappucciato a questa roccia, la quale, sia nei piani inferiori , sia nel corridoio del primo piano e nella stessa chiesa, di tanto in tanto emerge a vista dagli antichi muri con gli indubbi caratteri della roccia nativa del Gargano meridionale con gli incavi delle rudiste e il rosso della bauxite bene in vista. I locali dedicati alla cultura abbracciano l’intera circonferenza della roccia con una serie di possenti contrafforti entro cui s’inscrivono scaffali di legno o di metallo, scrivanie, schedari, ampie sale e suggestive gallerie.
 
Nei secoli passati erano i luoghi delle attività produttive: si tesseva la lana per i sai dei frati nella pannifica officina, vale a dire il lanificio, si produceva formaggio, si ricoveravano le pecore del Santuario. Gli spigoli dei pilastri in pietra dell’ingresso della biblioteca si presentano profondamente consumati dallo sfregamento dei manti lanosi di migliaia di pecore per centinaia di anni. L’ultimo gregge del Santuario sparì ad opera di esperti abigeatari nel 1948. Oggi questi locali ospitano la Biblioteca, il Museo e l’Auditorium. Altri servizi culturali sono sparsi negli altri piani del Santuario: sale ed aule per riunioni ristrette, l'Archivio, ampi corridoi pieni di luce per le esposizioni d’arte. In biblioteca si entra direttamente dal piazzale del Santuario. Un cancello in ferro immette in ampio e raccolto cortile da dove si entra in biblioteca.
 
Il corridoio d’ingresso costituisce anche il primo contatto con le raccolte di beni culturali del Santuario. Le pareti ospitano le statue devozionali. In fondo al corridoio si apre la Cantina Nuova dove è esposta la raccolta di reperti medievali. Dal corridoio, per mezzo di un’ampia vetrata, si accede alla Sala “P. Michelangelo Manicone” che funziona come deposito superiore della biblioteca. Dalle porte che si aprono sulla sinistra si accede alla Sala di consultazione: un ampio e armonico locale con scaffali, tavolini, bacheche da esposizione. Dalla Sala di consultazione si accede alla Galleria dei Cistercensi adibita ad esposizione delle collezioni archeologica e paleontologica.
 
La biblioteca continua al piano inferiore, posto alla radice del Santuario sul lato di mezzogiorno. E’ la Galleria dei Pastori: un lungo locale, distinto in cinque aule collegate da archi che fino al 1948 ospitava l’ultimo gregge del Santuario. Oggi è adibito a deposito inferiore della Biblioteca. L’Auditorium è posto nel lato occidentale del Santuario. Per accedervi bisogna scendere la rampa che si trova nei pressi dell’ingresso della biblioteca, percorrere il lungo viale che costeggia il lato di mezzogiorno e arrivare al Viale S. Francesco , vera oasi di verde e di pace posto lungo il lato occidentale del Santuario. L’Auditorium per secoli è stato la Pannifica Officina del Santuario. Vi lavoravano ben quaranta frati.