Recentemente restaurato, è stato realizzato interamente in massiccio legno di noce. E' opera di ignoti intagliatori seicenteschi, probabilmente Frati Minori dello stesso Santuario di San Matteo. Fu costruito quando il Santuario venne designato casa di noviziato per i Frati Minori della Provincia Osservante di Sant'Angelo. Le linee sono sobrie e severe, ingentilite da pochi e misurati intagli e dai braccioli zoomorfi appena abbozzati. Su uno degli stalli è graffita la seguente iscrizione "Fr Michael Angelus a Macchiagodena IX augusti 1676".
 
Nel bel mezzo del coro una grande pietra guarnita di maniglie di ferro, messa in opera nel 1844, rivela l'esistenza della cripta dove una volta venivano seppelliti i frati defunti. E' costituita da quattro piccoli vani, restaurati da poco, ricavati tra i resti di antichi edifici precedenti la costruzione della chiesa. Le lunette del coro ospitano i 14 quadri della Via Crucis..