La Fraternità di San Matteo volentieri accoglie gruppi di sacerdoti, religiosi e laici per brevi periodi di ritiro e per esercizi spirituali. Accoglie, inoltre gli studiosi che partecipano ai convegni di studio organizzati dalla Fraternità. Come da millenaria tradizione, in questo Santuario sono ospitati gratuitamente i pellegrini che percorrono a piedi le strade del Gargano per visitare la Tomba di Padre Pio, la Grotta dell'Arcangelo Michele e gli altri Santuari del Gargano. Se il Gruppo dei pellegrini è piccolo, basta una telefonata al P. Superiore della casa; se la comitiva è più numerosa, bisogna prendere per tempo i dovuti accordi.
 
L'auditorium del Santuario e le altre sale di riunione possono essere utilizzate dalle Associazioni interessate sia per convegni di studio che per concerti che siano in qualche modo in sintonia col carattere sacro del luogo e con la storia del Santuario. Si ricorda di prenotarsi almeno un mese prima presso il superiore del Santuario.