Le collezioni del Santuario di San Matteo sono nate quando la biblioteca fu aperta al pubblico, ufficialmente nel 1970,  ma in effetti già qualche anno prima.

Cominciò allora per la Biblioteca un inarrestabile processo di crescita che dura tuttora, alimentato dall'unione dei tanti piccoli fondi bibliotecari dei conventi francescani della Capitanata, da donazioni di privati, soprattutto famiglie che nei tempi passati avevano avuto qualche sacerdote, da contributi di studiosi ed editori, da scambi con nostre pubblicazioni, da acquisti.

Insieme ai libri arrivarono anche dipinti, statue, paramenti sacri, arredi liturgici. Dai superiori fu favorita la raccolta in un unico fondo delle piccole collezioni di reperti archeologici che nei decenni scorsi si erano costituite soprattutto nei conventi siti in zone archeologiche importanti. Dalle famiglie arrivò l'intera raccolta delle statue sotto vetro e altri oggetti devozionali.

Tutto ciò si aggiungeva al patrimonio del convento costituito dalle preziose vesti liturgiche antiche conservate in sacrestia, dai pochi residui artistici scampati alle ruberie delle soppressioni ottocentesche, e dalla ricca raccolta di ex voto costituita negli ultimi centocinquanta anni.

Altra fonte di incremento delle collezioni è stata la Biblioteca stessa con la sua propensione, come tutte le Biblioteche, ad aggregare beni culturali di ogni genere e a rivelarne il valore nascosto, o misconosciuto o sottovalutato. Coì crebbe la raccolta di grafica (acqueforti, litografie e altri tipi di incisioni), operazione favorita da diverse pubblicazioni curate dalla Biblioteca (Natale, antiche incisioni; S. Francesco, antiche incisioni; Sancti et Beati Ordinis Fratrum Minorum quorum Missa vel Officium celebratur), e l'insieme delle antiche carte geografiche.

Gli studi promossi dal Gruppo di Studio della Biblioteca fiorirono anche in altri settori delle collezioni di San Matteo. Nel 1979 ci fu un grande convegno sulle civiltà antiche del Gargano e del Tavoliere con pubblicazione dei relativi atti. L'interesse per l'archeologia rimase una costante nell'attività culturale della Biblioteca con numerose pubblicazioni sul Bollettino della Biblioteca e altre collane. Poi fu la volta dei paramenti sacri, che vennero studiati in una pregevole tesi di Laurea discussa all'Università di Lecce.

In questo ultimo anno è toccato alle Tavolette votive, catalogate, fotografate e interamente pubblicate in database su CD con un ricco corredo di chiavi di ricerca.

Il complesso delle collezioni di beni culturali attualmente esistenti nel Convento Santuario di San Matteo possono essere così sintetizzate:

• Lapidarium medievale

• Statue

• Dipinti

• Raccolta Archeologica

• Raccolta Paleontologica

• Paramenti Sacri

• Arredi e strumenti liturgici

• Statue sotto vetro e altri oggetti devozionali

• Ex voto oggettuali

• Ex voto tavolette dipinte (La collezione completa è visitabile da questo LINK)