La chiesa è ad unica navata con l'altare maggiore in marmi policromi del secolo XVIII, pregevole opera di maestri napoletani. La sovrastante edicola è del 1914, rinnovata a devozione di Domenico Gasparro di Cerignola.

L'altare maggiore	Altare in legno. Intagli di Giovanni de Theo 1905

La statua, un severo Cristo Pantocratore, secondo alcuni studiosi, è del sec. XIII. Un ignoto frate nel '500 l'ha modificata ripresentandola nella sua forma attuale alla venerazione dei fedeli come l'effigie di San Matteo.

Sui muri piccole macchie di colore ci trasportano indietro di molti secoli: è quel che resta degli affreschi di cui la chiesa doveva essere ricca nel Medioevo. E' ancora riconoscibile l'immagine di S.Giovanni Battista col dito teso ad indicare Gesù Agnus Dei.

San Giovanni Battista Affresco sec. XIII	Frammenti di affreschi di epoca benedettina Sec. XI-XII

Gli altari laterali barocchi. in pietra tenera di Monte Sant'Angelo, sono dedicati a S.Giuseppe (1689), all'Immacolata Concezione (1690), a S.Antonio di Padova (1692) e a S.Giovanni Battista (1719) il cui nome resta ancora legato alla storia del convento. S.Giovanni in Lamis, infatti, è tuttora il nome canonico del convento quale fu stabilito dai fondatori benedettini.

Altare dedicato a San Giovanni Battista	Altare dedicato a San Giuseppe
Altare dedicato alla Madonna Immacolata	Altare dedicato a S. Antonio da Padova

Sugli altari laterali tele recenti raffigurano alcuni protagonisti della storia francescana della Capitanata opera del pittore contemporaneo Filippo Pirro: il Beato Benvenuto da Gubbio, il beato Tommaso da Firenze, il beato Giovanni da Stroncone e S. Francesco Antonio Fasani di Lucera.

Altare dell'Immacolata: particolare	Altare di S. Antonio: particolare
Altare di S. Giovanni Battista: particolare	Altare di S. Giuseppe: particolare

La chiesa è arricchita, tra l'altro, da una serie di mosaici di scuola fiorentina (1966) che ricordano il presumibile passaggio di San Francesco per l'abbazia di San Giovanni in Lamis e il suo arrivo alla grotta dell'Arcangelo Michele nel 1222.

San Francesco in visita sul Monte Gargano	San Francesco nella celeste basilica di San Michele