Il Museo di San Matteo si articola in due percorsi.
Il primo percorso si svolge all'interno della Biblioteca comprendendo il corridoio d'ingresso della Biblioteca stessa e la Galleria dei Cistercensi, posta all'interno della sala di consultazione.
Il secondo percorso si trova nella Galleria dei Benedettini. Questa si apre sul piazzale settentrionale posto sulla destra della scalinata d'ingresso del convento. La Galleria è il frutto della tormentata storia del monastero benedettino, ma anche degli accrescimenti operati in epoca francescana dalla fine del sec. XVI in poi; oggi è uno dei locali più suggestivi del convento.
Il Corridoio d'ingresso, la Cantina nuova
L'ingresso della Biblioteca è costituito da un breve e antichissimo corridoio; nella sua parte terminale s'innesta ad angolo retto col piccolo locale della Cantina Nuova che ha tutta l'aria di essere stato in tempi remoti un altro corridoio chiuso per motivi sconosciuti. L'ampio arco che si apre nella parete destra immette nel deposito superiore della Biblioteca, dedicato a P. Michelangelo Manicone.
Le due porte che si aprono nella parete di sinistra sono l'ingresso del laboratorio della Biblioteca e della Sala di Consultazione dedicata al titolare della Biblioteca, P. Antonio Maria Fania di Rignano Garganico.
Qui hanno trovato il loro posto gli oggetti della Devozione privata, in particolare le statue sotto campana e le statue di S. Michele.
Le espressioni devozionale della gente garganica e pugliese sono molte ed estremamente variegate. In questa esposizione si ha un saggio di quella particolare forma devozionale, diffusa in tutto il Mezzogiorno d'Italia, che sono le statue domestiche sotto vetro.
Esse esprimono tutta la varietà delle situazioni spirituali della nostra gente, dalla solidarietà nel dolore con le bellissime statue della Madonna Addolorata, al bisogno di affidarsi per le necessità personali o della famiglia alla protezione di S. Ciro, dei Santi Medici, di S. Raffaele, di Sant'Anna.
Sono presenti anche alcune edicole da viaggio e alcune preziose bottiglie con cui i pellegrini portavano a casa la manna di San Nicola, ossia il liquido che trasudando dal terreno umido si condensa nel vano tombale in cui sono custodite le ossa di San Nicola a Bari.
Una vetrina è dedicata a San Michele Arcangelo. Il Gargano, terra di San Michele, è disseminato di chiese e cappelle dedicate all'Arcangelo; ma in quasi tutte le case l'immagine di San Michele troneggia come garanzia di protezione.
Tutta la raccolta è frutto di donazioni di famiglie.
La Cantina Nuova contiene il Lapidarium costituito da Frammenti Medievali e da Frammenti barocchi che rappresentano la storia architettonica del monastero dall'alto medioevo fino al sec XVII.
La raccolta, costituita da frammenti erratici reperiti nei posti più impensati e nelle circostanze più diverse, è una limitata ma significativa indicazione sull'arredo artistico che nel Medioevo doveva essere diffuso in tutto il monastero e soprattutto nella chiesa.
La galleria dei Cistercensi
Dal corridoio d'ingresso si accede alla sala di consultazione della Biblioteca, dalla quale si arriva alla Galleria dei Cistercensi che contiene la collezione Archeologica e la sezione Paleontologica.
La sezione archeologica ci porta agli albori della frequentazione umana del Gargano con i reperti litici del Paleolitico Superiore (circa 70.000 anni prima di Cristo), e poi, passando attraverso le epoche seguenti del neolitico e del bronzo, conduce agli albori dell'ultimo millennio a.C. con i reperti fittili dauni e le Stele Daunie;
lo sguardo all'ultimo millennio a.C. prosegue poi con la vasta raccolta di reperti ellenistici, per finire ben dentro l'epoca romana con una nutrita serie di anfore provenienti dal mare.
Questa sezione è affiancata da una piccola ma preziosa raccolta paleontologica che parla dell'ambiente naturale garganico in epoche remote, quando il Gargano, non ancora percorso da flussi turistici, né da pellegrini salmodianti, era piantato solitario nel bel mezzo dell'Adriatico, unito alla terraferma da una pianura acquitrinosa, vasta e desolata.
