L'arrivo dei Frati Minori avvenne sulla spinta di una vigorosa ripresa religiosa che vide come protagonisti una nuova generazione di pellegrini che venivano ad aggiungersi a quelli che, dalla più remota antichità, continuavano a passare diretti alla Grotta di San Michele. Da qualche secolo la chiesa abbaziale di San Giovanni in Lamis ospitava una preziosa reliquia: un dente attribuito all'Apostolo ed evangelista San Matteo.

Da tutte le zone di Capitanata e della Puglia innumerevoli gruppi di pellegrini, addirittura intere città, salivano a rendere devoto omaggio a San Matteo. La loro frequenza era tale che anche il nome dell'antica abbazia, San Giovanni in Lamis, venne dapprima affiancato dalla nuova denominazione, San Matteo, e poi da questa definitivamente sostituito.

Da quel momento l'abbazia, divenuta convento Francescano, e l'ente ecclesiastico 'Badia di San Giovanni in Lamis', con a capo il suo abate commendatario, col suo feudo, le sue rendite, i suoi processi, le sue giurisdizioni, ecc. vissero due vite parallele ma ben distinte. La convenzione firmata dall'abate commendatario Vincenzo Carafa e dal ministro Provinciale dei Frati Minori, P. Luigi da Nola, fu assunta e legittimata dal Breve di Gregorio XIII del 14 aprile 1578 e stabilì una svolta radicale nella vita dell'ex monastero benedettino.

Ormai era un santuario in cui la frequenza dei pellegrini e l'attività religiosa era molto più importante dell'amministrazione dei beni. Nel sec. XVII la vita del vecchio monastero, che ormai tutti chiamavano 'convento di San Matteo' si era radicalmente trasformata. Il convento era conosciuto in tutta la Capitanata. i pellegrini arrivavano numerosi e, con essi, copiose offerte. per lo più in natura.

Si pose mano a un vigoroso programma di ristrutturazione dell'edificio. Le greggi del convento crescevano. Nel 1634 il Capitolo Generale dell'Ordine istituì nel convento di San Matteo, e nel suo gemello convento di Stignano, ambedue a San Marco in Lamis, i due noviziati della Provincia monastica. Il convento si popolò di giovani novizi e di fratelli laici i quali giravano tutta la Capitanata per la questua del grano, dell'olio, del vino, ecc. I contadini della pianura e della montagna portavano l'offerta di agnelli e puledri.

San Matteo fra '600 e '700 ridiventò un centro fervente di vita religiosa, conosciuto e stimato, abbondante di beni materiali. L'intera Provincia monastica gravava sul convento di San Matteo per le sue spese ordinarie e straordinarie.

Nel sec. XIX anche il nostro convento fu travolto dalla bufera rivoluzionaria e risorgimentale. Nel 1811 nella generale soppressione degli ordini religiosi, San Matteo fu risparmiato perché offrisse un tetto ai numerosi religiosi cacciati dalle altre case. Reintegrato nella Provincia religiosa con la Restaurazione, incappò dopo qualche decennio nelle leggi eversive che il nuovo governo nazionale aveva varato contro gli ordini religiosi.

Nel 1867 il convento fu acquisito dal Comune di San Marco in Lamis. Quando, il primo gennaio 1902, i Frati tornarono a San Matteo, trovarono dappertutto desolazione: i preziosi mobili antichi inceneriti, la biblioteca e l'archivio spariti, buona parte del convento consegnata a serpi e rovi.

Ancora una volta i Frati posero mano alla ricostruzione ritrovando in pari tempo, intatta, la stima e la collaborazione della gente. I frutti si videro subito. Nello stesso anno il convento fu designato a Studio di Teologia. Nel 1905 fu stipulato col Comune di San Marco in Lamis un contratto di locazione per 29 anni. Nel 1933 si iniziarono le pratiche per la restituzione del Convento ai Francescani e chiudere definitivamente l'infelice parentesi della soppressione. La pratica si concluse nel 1939 con Decreto Reale. Nel frattempo il convento era cresciuto, aveva ripreso il suo ruolo nell'ambito della Capitanata e in quello, più vasto, della rinnovata Provincia monastica dei Frati Minori di Puglia comprendente i conventi siti nelle province civili di Foggia, Bari e Campobasso. In questi ultimi trent' anni, insieme alla sua naturale vocazione di santuario, il convento ha messo a punto, come risposta adeguata ai tempi nuovi, una sua specifica competenza nel campo della cultura. La sua biblioteca, nata nel 1905 con poco più di 200 volumi, è ora una delle più grandi della provincia di Foggia e certo una delle più importanti della Puglia per quanto riguarda gli studi francescani e pugliesi.