Il monastero cistercense di S.Maria di Casanova, era stato fondato nel 1197. A cento anni dalla nascita era in piena espansione avendo rilevato, con regolare atto di unione, l'antico monastero benedettino di S.Maria all'Isola sito nell'Arcipelago delle tremiti.

Le riunioni e i patteggiamenti, condotti sotto la regia di Giacomo Duèse arcivescovo di Frejus e cancelliere del re di Napoli, poi papa col nome di Giovanni XXII, terminarono il 20 febbraio del 1311 con la firma di Clemente V in calce alla bolla con la quale si stabiliva che l'abbazia di S.Giovanni in Lamis, perduta la sua autonomia, veniva aggregata, tamquan filia, a quella cistercense di S.Maria di Casanova.

Fu subito chiaro a molti che l'operazione non era stata cristallina e che la fretta di alcuni passaggi essenziali era sospetta.

I ricorsi dei superstiti benedettini 'neri' aprirono il tratto più buio e tragico della lunga storia del monastero che si concluse il 7 giugno del 1327, quando il papa affidò l'amministrazione di tutti i beni badiali al cardinale Matteo Orsini, arcivescovo di Siponto, eletto per l'occasione Abate Commendatario.

L'istituto dell'Abate Commendatario, perduto ben presto il suo carattere provvisorio, si consolidò nel tempo dando origine a una lunga serie di personaggi che terminò solo nel 1782, quando il beneficio abbaziale venne dichiarato di Regio Patronato e l'abate commendatario fu privato di ogni giurisdizione.

Al 1327 seguirono due secoli e mezzo di vita stentata costellata di eventi tristissimi. In questo periodo si perdono le tracce dei cistercensi. Nel sec. XVI il monastero era quasi abbandonato e in pessime condizioni.