Dicono che il primo nucleo di San Matteo fosse costituito da una chiesetta attorno a cui una tettoia, o un cortiletto coperto, alloggiavano i pellegrini abruzzesi e molisani diretti alla grotta di San Michele. Non c'è niente di scritto, ma i pochi ruderi di muri e cisterne arroccati attorno al convento fanno pensare che la tradizione sia fondata. In effetti il santuario è a meno di una giornata di cammino da Monte Sant'Angelo; è plausibile, quindi, che i pellegrini, già da tempi antichissimi, utilizzassero il sito, posto sul pendio di mezzogiorno, al riparo dai venti e ben soleggiato, per riposarsi prima di intraprendere l'ultima giornata di cammino per la grotta di San Michele.

Non se ne conosce la data di fondazione, si sa solo che all'inizio del millennio scorso il monastero, nato col nome di S.Giovanni in Lamis, era una realtà già grande e importante dotata di ampi possessi feudali costituiti da un nucleo centrale comprendente il territorio degli attuali Comuni di San Marco in Lamis e di San Giovanni Rotondo e da una moltitudine di possessi sparpagliati in tutta la Puglia. Sono di questa epoca i documenti più antichi che delineano i confini dell'abbazia garantendoli contro tentativi di invasione e usurpazione di feudatari e vescovi.

Da questi documenti si colgono segni interessanti della vita interna e dei rapporti che l'abbazia intratteneva con le autorità, con gli altri feudatari e con i propri sudditi. Era fervente di attività, ricca, stimata dal papa e dalle autorità bizantine e normanne.

Durante il secolo successivo l'abbazia di S.Giovanni in Lamis iniziò il suo lento declino. Nel 1177 il re normanno Guglielmo Il donava, come bene dotalizio, alla sua sposa Giovanna, figlia di Enrico II d'Inghilterra, l'Honor Montis Sancti Angeli, di cui l'abbazia di S.Giovanni in Lamis e il suo territorio facevano parte.

Con Federico II il monastero venne privato del casale e del territorio di San Giovanni Rotondo.

Con l'avvento degli Angiomi, il monastero fu reintegrato nel possesso feudale di San Giovanni Rotondo, ma le sue sorti non furono più felici. Il monastero stava soffocando schiacciato dagli opposti interessi di papi e di re, dilaniato da lotte interne. in profonda crisi di identità, avvelenato dalla sua stessa mai risolta ambiguità di fondo di realtà ecclesiastica e feudale, costretta dal suo stesso peso economico e sociale a far continuamente i conti con potenti e prepotenti, e a comportarsi di conseguenza, fino a rischiare di dimenticare i propri valori fondanti, quelli religiosi.

Alla fine del secolo XIII la decadenza fu notevolmente accelerata. Costretto a cedere le sue terre migliori, oppresso dal pagamento di pensioni e balzelli, il monastero si ridusse ben presto a mendicare la sua stessa sopravvivenza.

Si pensò che la soluzione migliore fosse unire il moribondo monastero di S.Giovanni in Lamis a quello cistercense di S.Maria di Casanova, in diocesi di Penne.