Recentemente restaurato, è stato realizzato interamente in massiccio legno di noce. E' opera di ignoti intagliatori seicenteschi, probabilmente Frati Minori dello stesso convento di San Matteo.

Fu costruito quando il convento venne designato casa di noviziato per i Frati Minori della Provincia Osservante di Sant'Angelo. Le linee sono sobrie e severe, ingentilite da pochi e misurati intagli e dai braccioli zoomorfi appena abbozzati. Su uno degli stalli è graffita la seguente iscrizione "Fr Michael Angelus a Macchiagodena IX augusti 1676". Nel bel mezzo del coro una grande pietra guarnita di maniglie di ferro, messa in opera nel 1844, rivela l'esistenza della cripta dove una volta venivano seppelliti i frati defunti. E' costituita da quattro piccoli vani, restaurati da poco, ricavati tra i resti di antichi edifici precedenti la costruzione della chiesa.

Le lunette del coro ospitano i 14 quadri della Via Crucis (le foto sono visibili nella sezione Multimedia).

Dal coro si entra in Sacrestia.

La sequenza delle tre aule separate dai grandi archi conferisce serenità al visitatore. Nel succedersi delle linee armoniosamente disposte, ogni oggetto emerge pulitamente dal suo spazio evidenziando efficacemente il proprio valore estetico, insieme alla propria funzione liturgica o di servizio: il grande banco del sec. XVII, il coevo leggio corale, i nuovi banchi con i bellissimi paliotti del sec. XVIII come coperture, il grande armadio moderno, i paramenti ricamati, gli arredi e gli strumenti della liturgia, il lavabo in pietra, i crocifissi.

Il rincorrersi delle linee curve delle volte settecentesche e il loro intrecciarsi con reminiscenze gotiche e romaniche ricorda al visitatore che qui si trova al centro di una storia millenaria, che, tuttavia, viene di continuo rilanciata verso nuovi progetti e nuove mete.

Sulla parete sinistra della chiesa si apre la Cappella delle Confessioni. Alla parete destra troneggia una tela raffigurante San Matteo chiusa in preziosa cornice d'argento, dono del cerignolano Francesco Landriscina (1926). Il dipinto è opera di P. Paolo Manocchio di Campobasso, frate minore vissuto a lungo nel convento di San Matteo.

Dalla cappella delle confessioni una scalinata porta alla cantoria. Il grande organo a canne che vi è collocato dal 1991 è opera dei celebri organari Mascioni di Cuvio (Varese). Appartiene alla generazione degli strumenti a trasmissione meccanica e viene utilizzato per la liturgia e per i concerti.