La presenza dei Francescani in Terra Santa risale agli albori dell'Ordine Serafico. Nel 1217 si tenne ad Assisi il Capitolo, ossia l'Assemblea di tutti i Frati Minori riuniti per discutere i problemi e programmi dell'Ordine, e per lo scambio delle esperienze apostoliche e fraterne. Si determinò, tra l'altro, l'istituzione di circoscrizioni territoriali, chiamate Provincie, entro cui gruppi di Frati a ciò preparati avrebbero predicato la Parola di Dio .

Fra le Province istituite spiccava la Provincia di Terra Santa, chiamata anche Provincia di Siria, o di Romania, o Provincia di Oltremare; potevano aderire Frati provenienti da tutti i paesi europei, di tutte le lingue e di tutte le culture. Nacque così una Provincia con forte vocazione internazionale, aperta al dialogo con il mondo islamico.

San Francesco vi trascorse qualche mese tra  il 1219 e il 1220. Il primo Provinciale di Terra Santa fu  Frate Elia da Cortona. I Frati erano preparati, oltre che nelle discipline teologiche, nella conoscenza delle lingue, degli usi e costumi locali, delle religioni e della storia. La finalità primitiva era l'assistenza dei pellegrini a cui ben presto si aggiunse l'assistenza religiosa dei numerosi mercanti, soprattutto italiani, che operavano nelle piazze più importanti del Medio Oriente.

Questo fatto in particolare mise in relazione i Frati della Terra Santa con le corti europee che nel seguito ebbero un ruolo di rilievo per la risoluzione dei molti problemi della Terra Santa.Il Re di Napoli Roberto d'Angiò e la sua consorte, la Regina Sancia di Maiorca, si distinsero con l'acquisizione, per conto dei Frati, del Santo Cenacolo e del diritto di officiare nel Santo Sepolcro. La novità di questi atti consisteva nel fatto che i Frati acquisivano tali diritti "in nome e per conto della Chiesa Cattolica". Nel 1342 il Papa Clemente VI approvò con apposita Bolla l'operato del Re di Napoli e istituì ufficialmente la Custodia di Terra Santa.

I Frati pian piano acquisirono i più importanti Santuari come il Santo Sepolcro, Nazaret, Betlemme, il Monte Tabor  ecc  e da allora li custodirono a nome della Chiesa Cattolica. La storia della Custodia di Terra Santa è costellata di martiri che hanno testimoniato col sangue l'amore incondizionato dell'Ordine Serafico per la Terra di Gesù.

L'azione dei Frati col tempo si aprì anche all'assistenza dei poveri, all'istruzione, agli Studi Biblici, al recupero con un apposito gruppo di archeologi delle località evangeliche sepolte nella terra o nelle sabbie del deserto.Negli ultimi tempi si è aggiunta l'esigenza di fermare l'esodo degli arabi cristiani ridotti a malpartito dai recenti avvenimenti.

In quelle terre i cristiani, già discriminati dagli ebrei perché arabi, sono separati anche dagli altri arabi perché cristiani. La loro sopravvivenza, il più delle volte è affidata all'emigrazione in America o nei paesi europei.

Per fermare l'esodo i Frati di Terra Santa hanno costruito interi quartieri affidando le case alle famiglie cristiane in cambio di un affitto simbolico.

A ciò si aggiungano le scuole, frequentate sia dagli arabi, cristiani che musulmani, sia, nello stato di Israele, da regazzi ebrei. Nei territori palestinesi le scuole sono frequentate solo da ragazzi arabi, le cui famiglie non sono assolutamente in grado di contribuire neppure col minimo al mantenimento della scuola. Queste scuole si reggono unicamente sulla "mensa del Signore", sulle libere offerte dei cristiani europei e sulle adozioni a distanza.