Un altro elemento che conferisce unità alla geografia religiosa della Capitanata e che ha contribuito alla configurazione di un sistema santuariale così complesso e organico è costituito dai santi pellegrini che hanno percorso le sue vie lasciando in queste contrade segni indelebili nelle case religiose che hanno fondato alcune delle quali importantissime per la storia religiosa del Gargano e della Capitanata.

Guglielmo e Pellegrino
Il secolo XII è fecondo di fermenti religiosi. La Crociata di Goffredo di Buglione aveva riaperto le strade dell'Oriente. In Capitanata alle tradizionali vie dei pellegrini si erano aggiunti i nuovi percorsi dei Crociati, con le soste e gli ospedali. La Puglia normanna era diventata la sponda europea più prossima alle agognate plaghe della Palestina e della Siria; un crocevia di stirpi e lingue diverse, cavalieri, santi e avventurieri di ogni tipo s'incrociavano scambiandosi notizie e consigli, fraternizzando e litigando, tutti diretti in Terra Santa e dalla quale ritornare sani e salvi.

Il Santuario di San Michele sul Gargano s'inseriva in questo percorso con la sua precipua funzione di ultimo grande santuario occidentale prima della pericolosa avventura della Terra Santa. Era perciò meta frequentatissima sia dei pellegrini in transito verso la Palestina, che di quelli sulla via del ritorno.

Anche la storia dei santi Guglielmo e Pellegrino, i santi patroni di Foggia, s'inserisce in questo andare e venire frenetico di romei e di eserciti. Guglielmo e suo figlio Pellegrino, di famiglia occidentale trapiantata in Siria con le Crociate, dalla natia Antiochia, verso la metà del sec. XII sbarcarono a Brindisi decisi a percorrere le stesse vie devote che furono dei loro antenati. Strada facendo pregavano e benedicevano, vivevano di elemosine e servivano gli ammalati negli ospedali. Così arrivarono al Santuario di san Michele a Monte Sant'Angelo. Si stabilirono poi a Foggia, affascinati dal nome della gran Madre di Dio, la cui prodigiosa immagine, detta dell'Icona Vetere, si venera ancora nella chiesa maggiore della città. Morirono insieme, come avevano desiderato, nell'abbraccio di Dio e furono venerati come santi patroni di Foggia.

Guglielmo da Vercelli e Giovanni da Matera
Ma il XII secolo era ricco anche di altre istanze religiose di cui sono testimoni alcuni tra i personaggi più interessanti della storia religiosa del Mezzogiorno d'Italia. Il grande movimento riformatore monastico, iniziato a Cluny nel cuore della Francia nel sec. X aveva riempito di nuovi fermenti tutta l'Europa. Dopo il torpore del "secolo oscuro", la Chiesa aveva imboccato il difficile cammino della restaurazione svegliando le sue energie nascoste. E' il tempo di S. Gregorio VII, di Matilde di Canossa e di S. Bernardo.

Nella nostra Capitanata quest'ansia rinnovatrice, interpretata in rapporto alle nuove esigenze operative e di spiritualità della Chiesa locale, era arrivata nel sec. XII con Guglielmo da Vercelli e Giovanni da Matera, ambedue eremiti e apostoli, pellegrini ricercatori appassionati di una perfezione interiore che fosse in pari tempo linguaggio e testimonanza.

La storia ci narra le loro peripezie e di come, dopo lungo cercare, abbiano finalmente trovato, intorno al Gargano e alla Capitanata, il luogo della loro pace. Guglielmo da Vercelli, dopo aver dimorato a lungo presso la Grotta dell'Arcangelo a Monte Sant'Angelo, fondò il monastero di Montevergine e, infine, si ritirò all'Incoronata di Foggia per vivere in solitudine con pochi compagni e dedicarsi all'apostolato fra i contadini dauni e i pastori abruzzesi.

Giovanni da Matera, amico e discepolo di Guglielmo, dopo molte esperienze, finalmente trovò la sua dimora nell'antico e ormai abbandonato monastero di S. Gregorio a Pulsano, ribattezzato "Santa Maria di Pulsano". I monasteri fondati dai due santi hanno avuto una parte non piccola nella storia civile e religiosa della Capitanata.

A questo punto è da ricordare anche il beato Giovanni da Tufara fondatore dell'abbazia di S. Maria del Gualdo a Mazzocca presso Foiano di Val Fortore, contemporaneo dei due santi di cui si è fatto cenno, il quale, avendo in comune con loro molta parte dell' esperienza religiosa, percorse a lungo le aspre balze del Gargano alla ricerca di un luogo dove vivere in povertà prima di scegliere la solitaria pace della Valle Fortore

Tra gli studiosi va sempre più prendendo piede l'opinione che Giovanni da Matera, come del resto il suo maestro Guglielmo da Vercelli, anche se è da considerare un rappresentante di quella rinascita che da Cluny si irradiò per tutta l'Europa, purtuttavia rappresenta un superamento dell'impostazione eminentemente monastica dei cluniacensi con il forte impegno pastorale assunto come dimensione abituale della vita religiosa.

Per questo motivo i pulsanesi preannunciano la nascita degli ordini mendicanti. Anzi, secondo alcuni, l'ordine pulsanese è quello che più da vicino prefigura la spiritualità francescana.

E' da notare, poi, che sul Gargano già prima che arrivasse Giovanni da Matera esisteva già una robusta esperienza pastorale a favore dei pellegrini da parte dei monaci benedettini di San Giovanni in Lamis, attualmente convento di San Matteo presso San Marco in Lamis.

Francesco d'Assisi
La venuta di San Francesco sul Gargano è una delle affermazioni a cui gli storici locali sono più affezionati. In effetti la tradizione trova fondamento su documenti trecenteschi; si appoggia anche sulla grande devozione che San Francesco aveva per l'Arcangelo San Michele a cui ogni anno dedicava una delle sue molte quaresime. La tradizione, in tutti i casi, è importante perché richiama l'antichità e la profondità dei rapporti che le popolazioni daune e garganiche hanno avuto nei secoli con tutto il movimento francescano.

La presenza francescana sul Gargano e nella Capitanata stabilitasi nella prima metà del sec. XIII diede seguito rendendolo definitivo al particolare fenomeno monastico con specifica impronta apostolica iniziato dai santi Guglielmo da Vercelli e Giovanni da Matera nel sec. XII.

Alcuni conventi francescani risalgono a pochi decenni dalla morte di San Francesco.

Gli altri sono sorti nei secoli seguenti con la presenza di tutte le famiglie francescane, i Conventuali, gli Osservanti, i Cappuccini e i Riformati, le Clarisse e una moltitudine di case di suore francescane.

Parecchi conventi della prima ora sono da mettersi in relazione con le antiche strade percorse dai pellegrini: Casalenovum alle pendici occidentali del Gargano, San Giovanni Rotondo, Monte Sant'Angelo, Siponto, Foggia erano posti sul tracciato della cosiddetta "Via Sacra Langobardorum", mentre i conventi di Cagnano, Rodi e Peschici erano dislocati sulla strada che dopo aver seguito il litorale settentrionale del Gargano, per mulattiere interne, porta al Santuario di San Michele a Monte Sant'Angelo.

L'intenzione apostolica è del tutto evidente da questa dislocazione strategicamente progettata per raggiungere facilmente i villaggi abitati dalle popolazioni locali e per seguire con efficienza il flusso dei pellegrini diretti ai santuari montani o che da questi scendevano per per visitare quelli della pianura.

Anche nell'evo moderno la preoccupazione di rispondere alle esigenze spirituali dei pellegrini è chiara nell'apertura delle due case francescane che più di tutte le altre sono legate, sia nella loro genesi che nella loro storia, all'incessante fluire di gente verso i santuari: i conventi di Santa Maria di Stignano e di San Matteo, ambedue nei pressi di San Marco in Lamis, ambedue tappe importanti sulla cosiddetta "Via Sacra Langobardorum".

Questi ultimi cinquant'anni hanno portato un notevole mutamento nella fenomenologia del pellegrinaggio.
I pellegrini non arrivano più a piedi, ne rimangono lontani dai luoghi di origine più di qualche giorno.
Sono venuti meno, quindi, usi e costumanze religiose derivanti dalla specifica configurazione dei pellegrinaggi di un tempo.
Anche lo spazio dedicato al sacro si è ridotto, razionalizzandosi, passando cioè da forme spontanee, in cui predominavano espressioni tradizionali e locali ispirate a forme individuali o etniche, a forme più canoniche e organizzate, meno fantasiose e meno localmente caratterizzate.
Il santuario principale, pur rimanendo intatta la centralità del Gargano, non è più la Grotta di San Michele, bensì la tomba di P. Pio da Pietrelcina a San Giovanni Rotondo.
Questo fatto, tuttavia, non ha nuociuto al sistema di santuari già esistenti che, anzi, è risultato sostanzialmente potenziato, accogliendo non solo i pellegrini tradizionali ma anche i nuovi pellegrini diretti alla tomba di P. Pio la quale, pur essendo il più giovane dei santuari della Capitanata, si è inserita con un ruolo proprio nell'insieme dei percorsi stabiliti dalla storia, i quali risultano, in questo modo, sostanzialmente inalterati.
Anche l'internazionalizzazione delle comitive ha provocato una maggiore frequentazione di quasi tutti i santuari: mentre fino al 1950 la totalità dei pellegrini proveniva dalla Puglia, dall'Abruzzo, dal Molise, dalla Basilicata, dalla Campania e dal Lazio meridionale, ora il movimento devoto impegna tutte le regioni d'Italia, molti paesi europei e diversi extra europei.
Un altro dato da tenere in considerazione è l'aumento delle presenze dei pellegrini i quali oggi nella zona di San Giovanni Rotondo si aggirano intorno ai cinque milioni di unità annue.

I Santuari della Capitanata e i loro beni culturali
Vale la pena sottolineare, in questa sede, che i Santuari della Capitanata sono un bene da conservare e tutelare come eredità preziosa dei padri. Ci si riferisce in primo luogo agli stessi edifici santuariali, spesso caratterizzati da emergenze artistiche di grande rilievo, e agli ambienti naturali nei quali essi sono inseriti. Ci si riferisce, parimenti, a tutti i manufatti accumulatisi nel tempo ad opera dei pellegrini. Quando si scende nella Grotta dell'Arcangelo a Monte Sant'Angelo non si può non notare la continuità storica e di fede che lega le genti della Capitanata ai loro antenati e alle popolazioni, spesso remote nel tempo e nello spazio, che qui sono salite in devoto pellegrinaggio. Qui l'Italia e l'Europa appaiono unite da tempi immemorabili, nonostante la varietà delle stirpi e delle lingue. I nomi di regine e re longobardi, di papi e di imperatori, di personaggi conosciuti e sconosciuti dai nomi strani e peregrini dalla profondità dei tempi si uniscono con ammirevole e inalterata comunione e continuità con gli attuali pellegrini. Di molti di essi sono rimaste importanti tracce: graffiti ed ex voto, espressioni artistiche e strutture architettoniche, ospedali e luoghi di accoglienza, cappelle votive. Tra le collezioni sono da ricordare quelle degli ex voto sparse un po' dovunque tra i santuari di Capitanata delle quali le più importanti sono quelle di San Michele, dell'Incoronata a Foggia e di San Matteo a San Marco in Lamis. Tra le raccolte devozionali emerge quella del santuario di San Michele a Monte con le sue collezioni di iconografia micaelitica. A questa categoria possono ascriversi anche le opere d'arte realizzate intorno al santuario di P. Pio a San Giovanni Rotondo, dalla grande Via Crucis di Francesco Messina alle varie statue di P. Pio innalzate un po' dovunque.
Un'altra fascia di beni culturali conservati nei santuari è costituita da quegli oggetti la cui raccolta e musealizzazione risponde a una ben precisa esigenza, propria dei santuari, di approfondire lo studio del territorio nel quale operano. A questo gruppo possono essere ricondotte la raccolta archeologica di San Matteo, come pure la collezione di sculture proveniente dall'antico monastero di Pulsano conservata, insieme a molte che una volta erano nella Grotta, nei locali longobardi posti nel piano inferiore della Basilica di San Michele. A questa categoria si possono ascrivere anche le collezioni di paramenti liturgici, dei reliquiari e della suppellettile sacra conservate a San Matteo.
Non piccola importanza, infine, rivestono gli archivi e le biblioteche fra cui emergono la Biblioteca del Santuario di San Matteo, l'Archivio Capitolare della Cattedrale dell'Iconavetere di Foggia, la Sala di Consultazione "P. Pio" a San Giovanni Rotondo e gli elementi superstiti dell'Archivio di San Michele.